การแพ้ถุงยางอนามัยส่วนมากเกิดจากการแพ้ยาง (latex allergy) ส่วนน้อยเกิดจากการแพ้สารฆ่าอสุจิ (Spermicide)  ถุงยางอนามัยที่มีขายในท้องตลาดส่วนมากทำจากยางธรรมชาติ    ผู้ใช้มีโอกาสแพ้ถุงยางอนามัยได้ 1-3%