วัคซีนป้องกันโรคไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 เป็นวัคซีนชนิดที่ใช้สำหรับป้องกันการติดเชื้อไข้หวัดใหญ่เฉพาะสายพันธ์ใหม่เท่านั้น กระทรวงสาธารณสุขแนะนำให้ฉีดในบุคลากรทางการแพทย์ และผู้ที่มีความเสี่ยงต่อการป่วยรุนแรงหากติดเชื้อ การฉีดวัคซีนควรกระทำภายใต้การดูแลของแพทย์ โดยหลังฉีดวัคซีนให้เฝ้าระวังอาการไม่พึงประสงค์จากวัคซีนเป็นเวลา 30 นาที และเมื่อกลับบ้านควรมีผู้ดูแลหลังฉีดวัคซีนต่ออีก 2 วัน
หลังการฉีดวัคซีนแล้วร่างกายจะสร้างภูมิคุ้มกันโรคไข้หวัดใหญ่เฉพาะสายพันธ์ใหม่ 2009 เท่านั้น ไม่สามารถป้องกันโรคไข้หวัดใหญ่ หรือไข้หวัดที่เกิดจากการติดเชื้อไวรัสสายพันธุ์อื่นๆ ได้
มีข้อห้ามในการใช้วัคซีนในผู้ที่แพ้ไข่ หรือ เคยแพ้วัคซีนป้องกันโรคไข้หวัดใหญ่อย่างรุนแรง เด็กอายุต่ำกว่า 6 เดือน ผู้ที่กำลังมีไข้หรือกำลังเจ็บป่วยเฉียบพลัน
อาการไม่พึงประสงค์ของวัคซีนที่ไม่รุนแรง แต่พบได้บ่อย (ไม่เกินร้อยละ 10) ได้แก่ อาการปวดศีรษะ เหงื่อออก ปวดกล้ามเนื้อ ปวดข้อ ไข้ ไม่สบายตัว เมื่อยล้า สั่น และอาการเฉพาะที่ได้แก่ ปวด บวม แดง ห้อเลือด ซึ่งจะหายได้เองภายใน 1-3 วัน
อาการไม่พึงประสงค์รุนแรงที่เคยมีรายงาน แต่พบได้น้อยมาก (น้อยกว่า 1 ในแสน) ได้แก่ อาการแพ้รุนแรง บวมตามร่างกาย การอักเสบของหลอดเลือด ชักจากไข้สูง เกล็ดเลือดลงลงชั่วคราว อาการผิดปกติทางระบบประสาท เช่น ปากเบี้ยว กล้ามเนื้ออ่อนแรง สับสน เป็นต้น